如何查找一個基因的啟動子序列

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定義 啟動子是參與特定基因轉錄及其調控的 DNA 序列 包含核心啟動子區(qū)域和調控區(qū)域 核心啟動子 區(qū)域產生基礎水平的轉錄 調控區(qū)域能夠對不同的環(huán)境條件作出應答 對基因的表達水平做出相應的調節(jié) 一般查閱外文文獻 老外從轉錄起始位點 Transcription Strart Site TSS 記為 1 位 開始上溯 2K 3K 的區(qū)間算做是啟動子 區(qū)域 啟動子的范圍非常大 可以包含轉錄起始位點上游 2000bp 有些特定基因的轉錄區(qū)內部也存在著 轉錄因子的結合位點 因此也屬于啟動子范圍 8 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well mybbff edited on 2005 07 22 08 41 舉報 超級細菌耐藥性基因多重 PCR 檢測 原創(chuàng) ensembl 改版后如何查找啟動子 原創(chuàng) 使用 UCSC 查找一個基因的啟動子序列 終 共享 如何查找基因啟動子 外顯子 內含子序列 最新的資料 Revelation 2005 05 07 11 23 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 34 積分 12 得票 246 丁當 加關注 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 下面以 BCL 2 基因為例 查找查找該基因的啟動子區(qū)域 首先要找到該基因的基因 組序列 去 NCBI 吧 在 Search 的下拉菜單里找到 Gene 在檢索項里輸入 Bcl 2 檢索第一項就是 bcl 2 for human 點進去看看啥樣 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 消息 ACEI ARB 你給血透患者用這樣的組合嗎 Revelation 34 積分 12 得票 246 丁當 加關注 2005 05 07 11 29 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 首先你可以看到該基因的參考序列 reference sequence 然后看到 bcl 2 的位置 和基因組背景 bcl 2 上游是 PHLPP 下游是 FVT1 基因 在這個長長的網頁的最 后是已經注冊的 Bcl 2 基因的信息 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well Revelation edited on 2005 05 07 11 59 舉報 基因過表達 Revelation 34 2005 05 07 11 35 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 積分 12 得票 246 丁當 加關注 騰訊微博 開心網 人人網 看到基因組序列了么 點進去 根據序列信息自己就能定位轉錄起始位點 上游 就是 promoter 了 簡單吧 不 我覺得麻煩 有更簡單的方法么 有 注意到在 網頁的開頭有這么個鏈接么 HGNC 990 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 消息 ACEI ARB 你給血透患者用這樣的組合嗎 Revelation 2005 05 07 11 38 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 34 積分 12 得票 246 丁當 加關注 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 點進去 看看吧 原來是 BCL 2 的 symbol report 各種各樣的連接 注意到左下 角的 Ensembl GeneView 了么 很有用的 點擊 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 jetPEI DNA transfection reagent Revelation 34 積分 12 得票 246 丁當 加關注 2005 05 07 11 42 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 呵呵 原來到了 Ensemble 了 是 Ensemble 的 report 列出了一堆令人興奮的信 息 太全了 只要是和這個基因相關的信息都能找到 包括 SNP Isoforms 等等 等 我們感興趣的是 這個連接 View genomic sequence for this gene with exons highlighted 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 讀片 產科疑難超聲病例 299 十指連心 水深請謹慎 Revelation 34 2005 05 07 11 48 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 積分 12 得票 246 丁當 加關注 開心網 人人網 點擊 看看 原來是 bcl 2 的基因組結構 紅底色堿基是 exon 綠底色堿基是 SNP 太牛了 別光高興 忘了找 promoter 默認的這個 report 只是顯示 bcl 2 上游 600bp 下游 600bp 想想 短了一點 怎么樣讓 5 端多顯示幾百個堿基呢 秘密在這里 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 羅氏 NimbleGen 比較基因組雜交 4x72K 芯片服務 Revelation 2005 05 07 11 55 消息 引用 收藏 分享 34 積分 12 得票 246 丁當 加關注 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 把 5 Flanking sequence 的值改成 5000bp 哼 小樣 不行 10000 20000 靠 上一個基因的 exon 都露出來 算了吧 最大值 99999 如果保守估計可以做起始位點上游 2000bp 內的區(qū)域 如果最大化估計 可以用 起始位點上游至上有基因的最后一個 exon 結尾處 算你狠 0 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 期刊導讀 PM 北醫(yī) 塞來昔考用于鼻內鏡術后疼痛的治療 Revelation 34 積分 12 得票 246 丁當 加關注 2005 05 07 11 57 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 然后就分析吧 先到 MATCH 分析一下轉錄因子結合位點 http www gene 然后 然后 不管我的事了 對方有大狙 撤 1 票 票數(shù) Do One Thing And Do It Well 舉報 求職 要么不當醫(yī)生 要么就當庸醫(yī) lsgggg 2005 05 07 15 07 消息 引用 收藏 分享 2 積分 1 得票 67 丁當 加關注 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 不錯 頂 0 票 票數(shù) 舉報 原創(chuàng) 我在深圳某公立醫(yī)院的杯具求職經歷 akanggg 16 積分 2005 05 07 15 16 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 2 得票 118 丁當 加關注 人人網 好文 不過 CXCR4 的基因點了 ensamble 后怎么沒有結果呢 0 票 票數(shù) 舉報 microRNA 及靶基因熒光素酶報告基因技術 Revelation 34 積分 12 得票 246 丁當 2005 05 07 22 14 消息 引用 收藏 分享 分享到哪里 復制網址 新浪微博 豆瓣社區(qū) 騰訊微博 開心網 人人網 這個我 check 了一下 主要的問題出在 NCBI 數(shù)據庫和 Ensemble 數(shù)據庫之間的融 合性上 也就是說目前二者之間的統(tǒng)一性與一致性還有一些小小的運轉不靈 解決方案 1 我說過你可以看到四項 1 Ensembl GeneView 2 GENATLAS 3 GeneCards 4 GeneClinics GeneTests 加關注 第一項不行 其他的試試 當看到第三項 GeneCards 的時候就會發(fā)現(xiàn) CXCR4 的蛋 白的 Ensemble 注冊號 ENSP00000241393 2 點擊進去會看到相應的核酸序列的 Ensemble 注冊號 ENSG00000121966 點 擊去就回看到你要找的東西了 3 這時候你會注意到 Ensemble 給的 ID 是 CXCR4 HUMAN 而 NCBI 給的 ID 是 CXCR4 用 CXCR4 檢索 Ensemble 數(shù)據庫確實不能檢索到任何東西 而用 CXCR4 HUMAN 作關鍵詞就可以 所以 問題出在這兩大數(shù)據庫之間命名的一致性上 偌大的兩個數(shù)據庫 肯定大量 存在這種問題 所以 我上門查找啟動子的根本思路就是找到 Ensemble 注冊號 不要局限于一種方法 get it Good Luck